Des données aux bases de données

Séminaire M2 Recherche – Christelle Colin

Julien Rabaud¹

2023-09-29

Présentation du Master et du séminaire

Tour de table

Gestion des données de travail

Mathieu Saby : Support de Formation Organiser, documenter et gérer ses données au quotidien (2019)

Formats de fichier

Binaires / Texte
Avantages du texte
- utilitaires Unix standards et puissants² :
  - sed
  - grep
  - awk
Attention à l’encodage (ascii, utf-8)

Supports de cours d’Arthur Perret

Interopérabilité au cœur du numérique de la recherche

Contexte de la Science Ouverte - biblio

Principes FAIR

Hausenblas, Michael. 5-Star Open Data, 22 janvier 2012.
Wilkinson, Mark D., Michel Dumontier, IJsbrand Jan Aalbersberg, Gabrielle Appleton, Myles Axton, Arie Baak, Niklas Blomberg, et al. The FAIR Guiding Principles for Scientific Data Management and Stewardship, Scientific Data 3, n° 1 (15 mars 2016): 160018.
DoRANum. Les principes FAIR. Consulté le 9 décembre 2021.

Métadonnées = Propriétés

Ce que vous allez étudier !
Importances des relations
Typage (int, string, date…)

Web Sémantique

Cadre formel de la Science Ouverte
Tim Berners-Lee (5 stars)

Cours Web Sémantique sur webtv.normandie-univ.fr

#1 - Qu’est-ce que le web ? [7 m 59 s]
#2 - Les métadonnées au sein des pages HTML [5 m 44 s]
#3 - Le web des données [8 m 51 s]
#4 - Le SPAQRL [7 m 20 s]
#5 - Les schémas, les ontologies [8 m 58 s]
- Loterre
- Linked Open Vocabularies (LOV)
#6 - Les raisonneurs [8 m 26 s]
#7 - Web des données, web sémantique, synthèse [6 m 31 s]

Modèles

Types de BDD

Relationnelles

Base de données relationnelle [Wkipedia]
SQL : Structured Query Language [Wkipedia]

XML natives

Base de données XML native [Wkipedia]
XML : Extensible Markup Language [Wkipedia]
XQuery : langage de requête

Graphes

RDF

Outils

Outils pour la saisie

Tableurs

Excel
LibreOffice Calc

Meilleur pour les .csv
Google Sheets

En ligne, collaboratif, compte Google obligatoire
OnlyOffice Spreadsheet Editor

En ligne, collaboratif, sur le Nuage de l’UPPA

Fiches texte : Obsidian

Extensions :
- Checklist
- Advanced Tables
- DataView
- DB Folder
- Media DB Plugin
- Table To CSV Exporter
- Text Format
- Convert URL To Previw
- External Link Opener

Nettoyage, harmonisation, enrichissement : OpenRefine

Site officiel
Programming Historian : Cleaning Data with OpenRefine - Published: 2013-08-05 – Modified: 2023-08-10
Mathieu Saby : Formation Openrefine URFIST Paris - 25/05/2018
Mathieu Saby : Tutoriel OpenRefine 3.4 : nettoyer, préparer et transformer des données - 06/11/2020

Outils pour le stockage/partage

Nuage (UPPA)

ShareDocs (Huma-Num)

Gitlab (UPPA ou Huma-Num)

Outils pour l’analyse

Heurist

instance chez Huma-Num

Codebooks (programmation lettrée)

Jupyter
Observable
Quarto

Outils pour la publication

Quarto

Pour des articles, epub, sites web

Heurist

Moissonnage OAI-PMH
Sites web de recherche

Nakala

Entrepôt Huma-Num, données citables (doi)

Omeka

Moissonnage OAI-PMH
Expositions virtuelles